1964년 9월 24일부터 이뢰자 목사는 계룡산에 새일수도원 설립을 시작했는데, 계룡산으로 가서 기도하라는 하나님의 지시를 받고 처음에는 주저하였으나 계속해서 지시가 오므로 1964년 9월 4일에 입산하여 기도를 하던 중 "천지를 창조할 때부터 이사야 19장 19절의(그 날에 애굽 땅 중앙에는 여호와를 위하여 제단이 있겠고 그 변경에는 여호와를 위하여 기둥이 있을 것이요) 제단 자리를 예비하여 놓았으니 찾아 제단을 짓고 말세의 종을 기르는 수도원을 설립하라"는 하나님의 명령으로 그 당시 갖고 있던 단돈 2천원을 바위에 올려놓고 기도한 뒤 손수 삽과 곡괭이로 땅을 일구어 기초 공사에 들어갔다.

 

 이목사는 사전에 이러한 수도원 설립에 대해 아무런 생각도 없었는데 하나님의 명령에 따라 순종하였다. 위에 간증문에도 있듯이 사람의 힘으로 하는 일이 아니라 그런지 그 수도원자리의 땅을 갖고 있던 주인이 선뜻 땅을 기증하겠다고 나섰고 주위의 기도하던 여러 사람들에게 하나님께서 감동을 주어 성금이 들어오게 하여 약 8개월간의 공사를 통해 다음해인 1965년 5월 15일 수도원의 헌당식을 할 수 있었다.

 

 지금 새일 교단에는 3대 절기가 있는데  1964년 9월 24일 수도원 건립을 시작한 날을 기념한 9·24 절기, 1965년 5월 15일 수도원 헌당식을 기념한 5·15 절기, 1967년 8월 15일 이뢰자 목사가 몸에 새 힘을 받은 8·15 절기로 되어 있다.

 

 헌당식을 하고부터는 수도가 매월 진행되어 전국 각지에서는 물론 멀리 미국에서까지 수많은 종들이 모여들어 시대적인 말씀으로 무장을 시키는 일을 계속했다. 그러던 중 1967년 8월 15일에는 새힘이 임했고(사40:31) 1967년 10월에는 이목사 입에 말씀이 임하여(사28:11, 59:21) 「말씀의 칼」이라는 152개의 제목을 가진 설교집이 나왔고, 이듬해인 1968년 5월 27일에는 아침 수도 중에 또다시 「조직신학 강의」,「선지서 강의」,「계시록 강의」를 받아쓰게 된 것을 비롯해서 그후 「인간론」, 「인간의 종말」, 「아름다운 소식」, 「새일 성가」등 이날까지 기독교에서 알 수 없었던 기독교 종말의 비밀이 나타나 수많은 책자로 발행되게 되었다

 

 수도원의 설립 목적은 하나님의 종들을 학과로 수도시키는 일에 중점을 두었는데, 무장 받은 종들을 통해서 전국적으로 새일 교회가 약 80여개로 확산 될 정도로 활성화 되었었다. 그러나 1979년 4월 무허가 건물이라는 이유로 철거를 당했는데, 박정희 前대통령 정권 때 무허가 건물 철거작업을 통해 전국적으로 400여개의 기도원들이 철거되면서 새일수도원도 함께 철거되었다.